Os registos eletrónicos de saúde (RES) são uma ferramenta fundamental na investigação epidemiológica, pois contêm informação centralizada e padronizada, permitindo integrar informação clínica estruturada e proveniente de múltiplas fontes. No presente trabalho será descrito o desenvolvimento metodológico utilizado para a integração de diferentes RES geridos por várias instituições do Serviço Nacional de Saúde (SNS), pelo Instituto dos Registos e do Notariado (IRN) e Instituto Nacional de Estatística (INE), aplicado a um estudo de uma coorte histórica sobre mortalidade e morbilidade de mineiros em Portugal entre 1977 e 2024. A coorte inicial foi constituída com base na informação dos processos laborais individuais complementada com dados do Registo Nacional de Utente. O estudo de mortalidade utilizou informação provinda do Sistema de Informação dos Certificados de Óbito e do Sistema Integrado de Registo e Identificação Civil. Para o estudo de morbilidade foi utilizada informação obtida do Sistema de Informação e Monitorização do SNS e do Sistema de Monitorização de Regiões/Unidades Locais de Saúde, de morbilidade hospitalar (Base de Dados de Morbilidade Hospitalar) e de incidência de cancro (Registo Oncológico Nacional). Os dados comparativos foram obtidos do INE. O acesso aos dados necessitou de protocolos de colaboração com os sete serviços detentores da gestão e procedimentos de cada conjunto de dados, nos quais foram estabelecidos os termos de disponibilização, utilização e conservação dos dados, bem como as garantias de segurança de transmissão e proteção dos dados. Destacam-se como principais desafios o tempo prolongado de acesso aos dados, o envolvimento de um número elevado de entidades nos processos de cedência dos dados e a falta de integração plena entre os sistemas. Foi possível identificar 87% dos indivíduos da coorte inicial, embora com algumas inconsistências nalgumas variáveis nos diferentes sistemas de informação. Verificou-se também a reduzida disponibilidade de diagnósticos dos cuidados de saúde primários e de informação sobre hábitos tabágicos, o que sugere problemas de cruzamento de dados ou bases de dados incompletas, o que colocou desafios na sua utilização no estudo. Apesar das limitações encontradas, este trabalho evidencia a relevância dos RES como infraestrutura essencial para a investigação epidemiológica, permitindo análises rigorosas e longitudinalmente sustentadas, e representa um contributo pouco usual num contexto nacional, dada a escassez de estudos observacionais de grande magnitude com desenho de estudo de coorte que integrem de forma sistemática múltiplos sistemas de informação em saúde.