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    "textoCompleto" => "<span class="elsevierStyleSections"><span id="sec0005" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0025">Introducci&#243;n</span><p id="par0005" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La pandemia de COVID-19 se ha caracterizado por oleadas c&#237;clicas de gran volumen de casos&#44; contactos estrechos y brotes&#46; Esto ha evidenciado las limitaciones de la vigilancia epidemiol&#243;gica&#44; que en Espa&#241;a estaba infradimensionada<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0055"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; en particular sus sistemas de informaci&#243;n&#46; Durante la pandemia se desarrollaron herramientas para manejar datos y obtener indicadores de vigilancia epidemiol&#243;gica&#44; como los <span class="elsevierStyleItalic">dashboards</span><a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0060"><span class="elsevierStyleSup">2</span></a>&#46; Sin embargo&#44; no ha habido un desarrollo hom&#243;logo en epidemiolog&#237;a de campo&#46; Las herramientas disponibles han sido insuficientes para actuar &#225;gilmente en el manejo y la gesti&#243;n de casos&#44; contactos estrechos y brotes en situaciones de alta transmisibilidad comunitaria<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0055"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#46;</p><p id="par0010" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En la ciudad de Barcelona&#44; este d&#233;ficit fue m&#225;s evidente durante la sexta ola de la COVID-19 &#40;2&#47;11&#47;2021 a 28&#47;3&#47;2022&#41;&#44; que afect&#243; particularmente al &#225;mbito escolar&#46; La incidencia acumulada en 14 d&#237;as en Barcelona en personas de 0 a 14 a&#241;os se mantuvo por encima de los 1000 casos por 100&#46;000 personas del 18&#47;12&#47;2021 al 20&#47;02&#47;2022<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#46; El pico fue de 11&#46;681 casos el 26&#47;01&#47;2022&#46; Durante la sexta ola&#44; el 12&#37; de las personas de 0-14 a&#241;os escolarizadas en Barcelona fueron positivas en COVID-19<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0065"><span class="elsevierStyleSup">3</span></a>&#46; Siguiendo la estrategia testeo-trazado-aislamiento-cuarentena &#40;TTAC&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0070"><span class="elsevierStyleSup">4</span></a>&#44; se actu&#243; r&#225;pidamente para identificar y gestionar brotes escolares de COVID-19&#46; Para detectar agrupaciones de casos&#44; se evidenci&#243; la necesidad de manejar de manera eficaz datos masivos diariamente<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0075"><span class="elsevierStyleSup">5</span></a>&#46;</p><p id="par0015" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Esta nota metodol&#243;gica expone el proceso de dise&#241;o&#44; desarrollo e implementaci&#243;n en 2021 de la herramienta inform&#225;tica Germina&#44; acr&#243;nimo de <span class="elsevierStyleItalic">Giny Epidemiol&#242;gic per a la Revisi&#243; Met&#242;dica i Notificaci&#243; d&#8217;Agrupacions de casos de Covid-19</span> &#40;Herramienta epidemiol&#243;gica para la revisi&#243;n met&#243;dica y notificaci&#243;n de agrupaciones de casos de COVID-19&#41;&#46; Germina fue concebida en la Ag&#232;ncia de Salut P&#250;blica de Barcelona &#40;ASPB&#41; para automatizar la detecci&#243;n y el seguimiento de agrupaciones de casos escolares de COVID-19 en la ciudad de Barcelona&#46;</p></span><span id="sec0010" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0030">Exposici&#243;n del m&#233;todo</span><span id="sec0015" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0035">Dise&#241;o e implementaci&#243;n</span><p id="par0020" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Para el desarrollo y la implementaci&#243;n de Germina se aplic&#243; la metodolog&#237;a SCRUM&#44; una estrategia para resolver problemas emergentes mediante el desarrollo de productos complejos&#46; La metodolog&#237;a SCRUM optimiza el tiempo y los recursos de las organizaciones&#44; y es especialmente &#250;til para equipos multidisciplinarios y flexibles&#46; Adem&#225;s&#44; garantiza la transferencia de los aprendizajes obtenidos durante el proceso<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">6</span></a>&#46; El dise&#241;o se adapt&#243; a las necesidades de vigilancia epidemiol&#243;gica en la ciudad y se comprobaron&#44; mediante un pilotaje inicial&#44; su correcto funcionamiento y su aplicabilidad&#46; Para facilitar su uso en epidemiolog&#237;a de campo&#44; Germina se desarroll&#243; como un c&#243;digo <span class="elsevierStyleItalic">do-file</span> estructurado en m&#243;dulos para ser ejecutado diariamente con el <span class="elsevierStyleItalic">software</span> STATA-15&#46;</p><p id="par0025" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina se concibi&#243; para la captura&#44; la armonizaci&#243;n&#44; la integraci&#243;n&#44; el almacenaje&#44; el an&#225;lisis y la visualizaci&#243;n de datos procedentes de m&#250;ltiples fuentes de informaci&#243;n&#58; el Registro COVID-19 y el Registro Central de Salud del Departament de Salut de Catalunya&#44; el Censo Escolar del Consorci d&#8217;Educaci&#243; de Barcelona&#44; indicadores ecol&#243;gicos del &#225;rea de residencia y el padr&#243;n de la ciudad de Barcelona de la Oficina Municipal de Datos del Ayuntamiento de Barcelona&#46; Estas fuentes de informaci&#243;n y las variables que inclu&#237;an <span class="elsevierStyleItalic">s</span>e describen en la <a class="elsevierStyleCrossRef" href="#tbl0005">tabla 1</a>&#46; Germina incluy&#243; las 327&#46;486 personas escolarizadas o con relaci&#243;n profesional con un centro educativo de Barcelona en el curso 2021-2022&#44; independientemente de su empadronamiento&#46; La poblaci&#243;n escolar estaba distribuida en 13&#46;504 grupos de convivencia estable &#40;GCE&#41; y 871 centros educativos&#46;</p><elsevierMultimedia ident="tbl0005"></elsevierMultimedia></span><span id="sec0020" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0040">Funcionamiento</span><p id="par0030" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En primer lugar&#44; Germina importa los casos confirmados de COVID-19 diariamente del Registro COVID-19 &#40;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#fig0005">Fig&#46; 1</a>&#41;&#46; Estos datos se armonizan e integran con los procedentes de las otras fuentes de informaci&#243;n&#44; incluyendo el centro de estudios y la informaci&#243;n geogr&#225;fica&#46; Para su integraci&#243;n&#44; para cada caso se genera en cada fuente un identificador &#250;nico y an&#243;nimo a partir de las variables comunes en las diferentes fuentes&#58; CIP&#44; DNI o NIE&#44; fecha de nacimiento y sexo&#46; Esto permite que Germina pueda buscar agrupaciones de tres o m&#225;s casos de COVID-19 en un mismo GCE en 14 d&#237;as consecutivos&#46; Germina asigna un identificador &#250;nico a cada agrupaci&#243;n y obtiene el n&#250;mero de casos totales&#44; desagregados por sexo&#44; por alumnado y personal&#59; estima la tasa de ataque&#44; identifica las fechas del primer y del &#250;ltimo caso&#44; y propone fechas de inactivaci&#243;n y cierre de un posible brote&#46; Germina almacena esta informaci&#243;n en un fichero temporal diario y seguidamente la compara con la almacenada el d&#237;a anterior&#44; lo que mantiene un repositorio actualizado de agrupaciones de casos escolares&#46; Las agrupaciones son valoradas por el Equipo de Vigilancia&#44; Control y Prevenci&#243;n de la COVID-19&#44; que las trata como sospechas de brote y confirma o descarta el v&#237;nculo epidemiol&#243;gico entre los casos&#46; Esta informaci&#243;n se reincorpora autom&#225;ticamente en Germina para actualizar el repositorio de agrupaciones y generar un listado actualizado de los brotes de COVID-19 en el &#225;mbito escolar&#46;</p><elsevierMultimedia ident="fig0005"></elsevierMultimedia><p id="par0035" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Adem&#225;s&#44; Germina calcula diariamente indicadores epidemiol&#243;gicos y de gesti&#243;n&#44; por casos&#44; agregados por GCE y escuelas&#44; por divisiones territoriales y globales&#46; Exporta los indicadores a diferentes tablas y genera autom&#225;ticamente un informe-resumen para las personas de la ciudad implicadas en la toma de decisiones&#46; Las tablas generadas por Germina se guardan en el servidor de la ASPB y alimentan un <span class="elsevierStyleItalic">dashboard</span> p&#250;blico<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a> que contiene gr&#225;ficos y mapas interactivos&#44; y que permite descargar los datos de COVID-19 en la ciudad&#46;</p></span><span id="sec0025" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0045">Cuestiones &#233;ticas</span><p id="par0040" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los datos individuales son usados y tratados de acuerdo con las directrices del Reglamento General de Protecci&#243;n de Datos vigente&#46; Siguiendo la Ley 18&#47;2009&#44; del 22 de octubre&#44; de Salud P&#250;blica&#44; las bases de datos est&#225;n sometidas a requisitos especiales de protecci&#243;n y se mantienen en archivos propiedad de la ASPB&#46;</p></span></span><span id="sec0030" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0050">Resultados</span><p id="par0045" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina se desarroll&#243; en 3 semanas&#46; Conect&#243; cinco fuentes de informaci&#243;n diferentes&#44; con estructuras complejas&#46; Se ejecut&#243; diariamente e identific&#243; 7713 agrupaciones de casos en el &#225;mbito escolar en la ciudad de Barcelona entre enero y febrero de 2022&#44; coincidiendo con el pico de la sexta ola&#46; Gener&#243; cuatro repositorios de informaci&#243;n epidemiol&#243;gica de uso interno&#44; vinculados a un cuadro de mando&#44; y permiti&#243; la actualizaci&#243;n autom&#225;tica diaria de 12 indicadores clave en un <span class="elsevierStyleItalic">dashobard</span> p&#250;blico<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup"><span class="elsevierStyleItalic">7</span></span></a>&#44; desde el cual se pueden descargar los datos&#46;</p></span><span id="sec0035" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0055">Aplicaci&#243;n pr&#225;ctica</span><p id="par0050" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina se concibi&#243; para poder aplicarse en otros &#225;mbitos de transmisi&#243;n de la COVID-19 y para poder replicarse con otras enfermedades de declaraci&#243;n obligatoria&#46; La estructura en m&#243;dulos de Germina y su programaci&#243;n en STATA favorecen que esta herramienta pueda aplicarse en la vigilancia epidemiol&#243;gica y el seguimiento de brotes epidemiol&#243;gicos&#46; Asimismo&#44; la configuraci&#243;n de Germina permite identificar agrupaciones de casos en otros &#225;mbitos&#44; como domicilios&#44; residencias geri&#225;tricas&#44; centros de trabajo&#44; actividades l&#250;dico-deportivas y &#225;reas territoriales&#46;</p><p id="par0055" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La herramienta tambi&#233;n se aplica en la generaci&#243;n y la visualizaci&#243;n de datos actualizados diariamente para la comunicaci&#243;n de informaci&#243;n sobre vigilancia de la salud p&#250;blica<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0090"><span class="elsevierStyleSup">8</span></a>&#46; Adem&#225;s&#44; la informaci&#243;n actualizada facilita la toma de decisiones basadas en la evidencia dirigidas a la reducci&#243;n de las desigualdades sociales en la distribuci&#243;n de la COVID-19<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">9&#44;10</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0040" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0060">Fortalezas y limitaciones</span><p id="par0060" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina automatiz&#243; procesos manuales&#44; optimizando as&#237; los recursos humanos&#46; Facilit&#243; el seguimiento de los brotes epidemiol&#243;gicos y permiti&#243; obtener indicadores en tiempo real y actualizar a diario la informaci&#243;n epidemiol&#243;gica&#46;</p><p id="par0065" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Sin embargo&#44; Germina no permite valorar el v&#237;nculo epidemiol&#243;gico entre casos&#46; Adem&#225;s&#44; es dependiente de la calidad&#44; la robustez&#44; la validez&#44; la continuidad y la periodicidad de las fuentes utilizadas&#46;</p></span><span id="sec0045" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0065">Conclusiones</span><p id="par0070" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El mecanismo de captura&#44; armonizaci&#243;n&#44; integraci&#243;n&#44; almacenaje&#44; an&#225;lisis y visualizaci&#243;n de datos de Germina ha permitido la automatizaci&#243;n y la sistematizaci&#243;n de la identificaci&#243;n de agrupaciones de casos de COVID-19 en un contexto de alta demanda del sistema de vigilancia epidemiol&#243;gica de la ciudad de Barcelona&#46;</p><p id="par0075" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La epidemiolog&#237;a de campo se fortalece gracias a sistemas de vigilancia robustos&#44; actualizados y flexibles<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0055"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; que permiten una vigilancia epidemiol&#243;gica eficaz<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0075"><span class="elsevierStyleSup">5</span></a>&#46; La gesti&#243;n innovadora de datos y la inteligencia epidemiol&#243;gica fundamentada en herramientas inform&#225;ticas&#44; como Germina&#44; es clave para abordar los retos presentes y futuros que puedan plantear las enfermedades transmisibles&#46;</p></span><span id="sec0055" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0070">Disponibilidad de bases de datos y material para r&#233;plica</span><p id="par0100" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los datos est&#225;n a disposici&#243;n de las personas que los soliciten a la autora para correspondencia&#46;</p></span><span id="sec0060" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0075">Editor responsable del art&#237;culo</span><p id="par0105" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Carlos &#193;lvarez-Dardet&#46;</p></span><span id="sec0065" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0080">Contribuciones de autor&#237;a</span><p id="par0110" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Todas las personas autoras han contribuido en la formulaci&#243;n y el dise&#241;o del art&#237;culo&#46; L&#46; Forcadell-D&#237;ez&#44; N&#46; S&#225;nchez-Valdivia&#44; M&#46; Pi&#241;ero Casas&#44; M&#46; Pila&#44; A&#46; Reyes Segura y G&#46; P&#233;rez han contribuido en la conceptualizaci&#243;n&#44; el dise&#241;o y la implementaci&#243;n de Germina&#46; L&#46; Forcadell-D&#237;ez y N&#46; S&#225;nchez-Valdivia han desarrollado&#44; programado y validado el c&#243;digo de Germina&#46; L&#46; Forcadell-D&#237;ez&#44; N&#46; S&#225;nchez-Valdivia&#44; M&#46; Pi&#241;ero Casas&#44; M&#46; Pila&#44; A&#46; Reyes Segura y G&#46; P&#233;rez han realizado la escritura original del art&#237;culo&#46; Todas las personas firmantes han contribuido a su revisi&#243;n cr&#237;tica con importantes contribuciones intelectuales&#46; Todas las personas firmantes han aprobado la versi&#243;n final para su publicaci&#243;n&#46;</p></span><span id="sec0070" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0085">Agradecimientos</span><p id="par0115" class="elsevierStylePara elsevierViewall">A todas las personas que han apoyado el desarrollo de este trabajo&#44; especialmente al equipo del Programa de Vigilancia&#44; Control y Prevenci&#243;n de la COVID-19 de la Ag&#232;ncia de Salut P&#250;blica de Barcelona&#46;</p></span><span id="sec0075" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0090">Financiaci&#243;n</span><p id="par0120" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Ninguna&#46;</p></span><span id="sec0080" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0095">Conflictos de intereses</span><p id="par0125" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Ninguno&#46;</p></span></span>"
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        "resumen" => "<span id="abst0005" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><p id="spar0005" class="elsevierStyleSimplePara elsevierViewall">La pandemia de COVID-19 evidenci&#243; que la vigilancia epidemiol&#243;gica no dispon&#237;a de recursos para responder a los aumentos de casos ni a los brotes&#46; La alta transmisibilidad comunitaria entre la poblaci&#243;n escolar en la ciudad de Barcelona al inicio de la sexta ola tension&#243; la unidad de vigilancia de COVID-19 de la ciudad&#46; Mediante metodolog&#237;a SCRUM se desarroll&#243; e implement&#243; Germina&#44; una herramienta inform&#225;tica capaz de capturar&#44; armonizar&#44; integrar&#44; almacenar&#44; analizar y visualizar diariamente datos de m&#250;ltiples fuentes de informaci&#243;n&#46; Germina permite identificar agrupaciones de tres o m&#225;s casos escolares y calcular indicadores epidemiol&#243;gicos&#46; La implementaci&#243;n de Germina facilit&#243; la respuesta epidemiol&#243;gica a la sexta ola de COVID-19 en el &#225;mbito escolar en Barcelona&#46; Esta herramienta es aplicable a otros &#225;mbitos de exposici&#243;n y a otras enfermedades transmisibles&#46; El uso de herramientas inform&#225;ticas automatizadas&#44; como Germina&#44; mejora los sistemas de vigilancia epidemiol&#243;gica y apoya la toma de decisiones basada en la evidencia&#46;</p></span>"
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            "apendice" => "<p id="par0130" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Se puede consultar material adicional a este art&#237;culo en su versi&#243;n electr&#243;nica disponible en <span class="elsevierStyleInterRef" id="intr0005" href="doi:10.1016/j.gaceta.2023.102321">doi&#58;10&#46;1016&#47;j&#46;gaceta&#46;2023&#46;102321</span>&#46;</p>"
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                  \t\t\t\t" scope="col" style="border-bottom: 2px solid black">Fuente de informaci&#243;n&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t" scope="col" style="border-bottom: 2px solid black">Descripci&#243;n&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t" scope="col" style="border-bottom: 2px solid black">Principales variables&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Registro de casos de COVID-19 del Departament de Salut&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n relativa a diagn&#243;stico&#44; estado inmunitario&#44; informaci&#243;n cl&#237;nica yencuesta epidemiol&#243;gica&#44; y censo de contactos estrechos&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Identificador individual anonimizado &#40;Id&#41;SexoFecha de nacimientoPresencia o ausencia de sintomatolog&#237;aFecha de inicio de s&#237;ntomasFecha de consulta m&#233;dicaFecha de diagn&#243;sticoPrueba diagn&#243;stica realizadaResultado de la prueba diagn&#243;sticaEstado vacunalFecha de administraci&#243;n de vacuna COVID-19 &#40;desglosado por n&#250;mero de dosis&#41;Vacuna administradaContacto estrecho de un caso confirmado previoVariables de la encuesta epidemiol&#243;gicaVariables del censo de contactos estrechos&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Registro Central de Salud del Departament de Salut&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n personal y sociodemogr&#225;fica&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Identificador individual anonimizado &#40;Id&#41;SexoFecha de nacimientoLugar de residencia &#40;direcci&#243;n&#41;&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Censo escolar del Consorci d&#8217;Educaci&#243; de Barcelona&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n de individuos vinculados a centros educativos&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Identificador individual anonimizado &#40;Id&#41;Centro educativo &#40;nombre e identificador&#41;Grupo de convivencia estable &#40;nombre e identificador&#41;Perfil &#40;alumnado&#44; personal docente&#44; personal externo&#41;Nivel &#40;educaci&#243;n infantil&#44; educaci&#243;n primaria&#44; educaci&#243;n secundaria&#44; educaci&#243;n posobligatoria&#44; otras ense&#241;anzas&#41;Localizaci&#243;n del centro &#40;direcci&#243;n&#44; c&#243;digo postal&#44; barrio&#44; distrito&#41;&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Padr&#243;n de la ciudad de Barcelona&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Localizaci&#243;n de la residencia &#40;direcci&#243;n&#44; c&#243;digo postal&#44; barrio&#44; distrito&#41;&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Oficina Municipal de Datos de Barcelona&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Indicadores ecol&#243;gicos del &#225;rea de residencia&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">&#205;ndice de renta familiar disponible&#160;del barrio de residencia&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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Nota metodológica
Germina: herramienta para la detección automática de agrupaciones de casos de COVID-19
Germina: tool for automatic detection of clusters of COVID-19 cases
Lluís Forcadell-Díeza,b, Nacho Sánchez-Valdiviaa, Maria Piñero Casasa, Marc Pilaa, Alexia Reyes Seguraa,b, Raúl Salobrala, Marc Olivella Ciricia,b, Sílvia Fernández-Barrésa, Glòria Péreza,b,c,d,
Autor para correspondencia
gperez@aspb.cat

Autora para correspondencia.
a Agència de Salut Pública de Barcelona, Barcelona, España
b Universitat Pompeu Fabra, Barcelona, España
c CIBER de Epidemiología y Salud Pública (CIBERESP), España
d Institut d’Investigació Biomèdica Sant Pau, Barcelona, España
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Las herramientas disponibles han sido insuficientes para actuar &#225;gilmente en el manejo y la gesti&#243;n de casos&#44; contactos estrechos y brotes en situaciones de alta transmisibilidad comunitaria<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0055"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#46;</p><p id="par0010" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En la ciudad de Barcelona&#44; este d&#233;ficit fue m&#225;s evidente durante la sexta ola de la COVID-19 &#40;2&#47;11&#47;2021 a 28&#47;3&#47;2022&#41;&#44; que afect&#243; particularmente al &#225;mbito escolar&#46; La incidencia acumulada en 14 d&#237;as en Barcelona en personas de 0 a 14 a&#241;os se mantuvo por encima de los 1000 casos por 100&#46;000 personas del 18&#47;12&#47;2021 al 20&#47;02&#47;2022<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a>&#46; El pico fue de 11&#46;681 casos el 26&#47;01&#47;2022&#46; Durante la sexta ola&#44; el 12&#37; de las personas de 0-14 a&#241;os escolarizadas en Barcelona fueron positivas en COVID-19<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0065"><span class="elsevierStyleSup">3</span></a>&#46; Siguiendo la estrategia testeo-trazado-aislamiento-cuarentena &#40;TTAC&#41;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0070"><span class="elsevierStyleSup">4</span></a>&#44; se actu&#243; r&#225;pidamente para identificar y gestionar brotes escolares de COVID-19&#46; Para detectar agrupaciones de casos&#44; se evidenci&#243; la necesidad de manejar de manera eficaz datos masivos diariamente<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0075"><span class="elsevierStyleSup">5</span></a>&#46;</p><p id="par0015" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Esta nota metodol&#243;gica expone el proceso de dise&#241;o&#44; desarrollo e implementaci&#243;n en 2021 de la herramienta inform&#225;tica Germina&#44; acr&#243;nimo de <span class="elsevierStyleItalic">Giny Epidemiol&#242;gic per a la Revisi&#243; Met&#242;dica i Notificaci&#243; d&#8217;Agrupacions de casos de Covid-19</span> &#40;Herramienta epidemiol&#243;gica para la revisi&#243;n met&#243;dica y notificaci&#243;n de agrupaciones de casos de COVID-19&#41;&#46; Germina fue concebida en la Ag&#232;ncia de Salut P&#250;blica de Barcelona &#40;ASPB&#41; para automatizar la detecci&#243;n y el seguimiento de agrupaciones de casos escolares de COVID-19 en la ciudad de Barcelona&#46;</p></span><span id="sec0010" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0030">Exposici&#243;n del m&#233;todo</span><span id="sec0015" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0035">Dise&#241;o e implementaci&#243;n</span><p id="par0020" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Para el desarrollo y la implementaci&#243;n de Germina se aplic&#243; la metodolog&#237;a SCRUM&#44; una estrategia para resolver problemas emergentes mediante el desarrollo de productos complejos&#46; La metodolog&#237;a SCRUM optimiza el tiempo y los recursos de las organizaciones&#44; y es especialmente &#250;til para equipos multidisciplinarios y flexibles&#46; Adem&#225;s&#44; garantiza la transferencia de los aprendizajes obtenidos durante el proceso<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0080"><span class="elsevierStyleSup">6</span></a>&#46; El dise&#241;o se adapt&#243; a las necesidades de vigilancia epidemiol&#243;gica en la ciudad y se comprobaron&#44; mediante un pilotaje inicial&#44; su correcto funcionamiento y su aplicabilidad&#46; Para facilitar su uso en epidemiolog&#237;a de campo&#44; Germina se desarroll&#243; como un c&#243;digo <span class="elsevierStyleItalic">do-file</span> estructurado en m&#243;dulos para ser ejecutado diariamente con el <span class="elsevierStyleItalic">software</span> STATA-15&#46;</p><p id="par0025" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina se concibi&#243; para la captura&#44; la armonizaci&#243;n&#44; la integraci&#243;n&#44; el almacenaje&#44; el an&#225;lisis y la visualizaci&#243;n de datos procedentes de m&#250;ltiples fuentes de informaci&#243;n&#58; el Registro COVID-19 y el Registro Central de Salud del Departament de Salut de Catalunya&#44; el Censo Escolar del Consorci d&#8217;Educaci&#243; de Barcelona&#44; indicadores ecol&#243;gicos del &#225;rea de residencia y el padr&#243;n de la ciudad de Barcelona de la Oficina Municipal de Datos del Ayuntamiento de Barcelona&#46; Estas fuentes de informaci&#243;n y las variables que inclu&#237;an <span class="elsevierStyleItalic">s</span>e describen en la <a class="elsevierStyleCrossRef" href="#tbl0005">tabla 1</a>&#46; Germina incluy&#243; las 327&#46;486 personas escolarizadas o con relaci&#243;n profesional con un centro educativo de Barcelona en el curso 2021-2022&#44; independientemente de su empadronamiento&#46; La poblaci&#243;n escolar estaba distribuida en 13&#46;504 grupos de convivencia estable &#40;GCE&#41; y 871 centros educativos&#46;</p><elsevierMultimedia ident="tbl0005"></elsevierMultimedia></span><span id="sec0020" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0040">Funcionamiento</span><p id="par0030" class="elsevierStylePara elsevierViewall">En primer lugar&#44; Germina importa los casos confirmados de COVID-19 diariamente del Registro COVID-19 &#40;<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#fig0005">Fig&#46; 1</a>&#41;&#46; Estos datos se armonizan e integran con los procedentes de las otras fuentes de informaci&#243;n&#44; incluyendo el centro de estudios y la informaci&#243;n geogr&#225;fica&#46; Para su integraci&#243;n&#44; para cada caso se genera en cada fuente un identificador &#250;nico y an&#243;nimo a partir de las variables comunes en las diferentes fuentes&#58; CIP&#44; DNI o NIE&#44; fecha de nacimiento y sexo&#46; Esto permite que Germina pueda buscar agrupaciones de tres o m&#225;s casos de COVID-19 en un mismo GCE en 14 d&#237;as consecutivos&#46; Germina asigna un identificador &#250;nico a cada agrupaci&#243;n y obtiene el n&#250;mero de casos totales&#44; desagregados por sexo&#44; por alumnado y personal&#59; estima la tasa de ataque&#44; identifica las fechas del primer y del &#250;ltimo caso&#44; y propone fechas de inactivaci&#243;n y cierre de un posible brote&#46; Germina almacena esta informaci&#243;n en un fichero temporal diario y seguidamente la compara con la almacenada el d&#237;a anterior&#44; lo que mantiene un repositorio actualizado de agrupaciones de casos escolares&#46; Las agrupaciones son valoradas por el Equipo de Vigilancia&#44; Control y Prevenci&#243;n de la COVID-19&#44; que las trata como sospechas de brote y confirma o descarta el v&#237;nculo epidemiol&#243;gico entre los casos&#46; Esta informaci&#243;n se reincorpora autom&#225;ticamente en Germina para actualizar el repositorio de agrupaciones y generar un listado actualizado de los brotes de COVID-19 en el &#225;mbito escolar&#46;</p><elsevierMultimedia ident="fig0005"></elsevierMultimedia><p id="par0035" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Adem&#225;s&#44; Germina calcula diariamente indicadores epidemiol&#243;gicos y de gesti&#243;n&#44; por casos&#44; agregados por GCE y escuelas&#44; por divisiones territoriales y globales&#46; Exporta los indicadores a diferentes tablas y genera autom&#225;ticamente un informe-resumen para las personas de la ciudad implicadas en la toma de decisiones&#46; Las tablas generadas por Germina se guardan en el servidor de la ASPB y alimentan un <span class="elsevierStyleItalic">dashboard</span> p&#250;blico<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup">7</span></a> que contiene gr&#225;ficos y mapas interactivos&#44; y que permite descargar los datos de COVID-19 en la ciudad&#46;</p></span><span id="sec0025" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0045">Cuestiones &#233;ticas</span><p id="par0040" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los datos individuales son usados y tratados de acuerdo con las directrices del Reglamento General de Protecci&#243;n de Datos vigente&#46; Siguiendo la Ley 18&#47;2009&#44; del 22 de octubre&#44; de Salud P&#250;blica&#44; las bases de datos est&#225;n sometidas a requisitos especiales de protecci&#243;n y se mantienen en archivos propiedad de la ASPB&#46;</p></span></span><span id="sec0030" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0050">Resultados</span><p id="par0045" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina se desarroll&#243; en 3 semanas&#46; Conect&#243; cinco fuentes de informaci&#243;n diferentes&#44; con estructuras complejas&#46; Se ejecut&#243; diariamente e identific&#243; 7713 agrupaciones de casos en el &#225;mbito escolar en la ciudad de Barcelona entre enero y febrero de 2022&#44; coincidiendo con el pico de la sexta ola&#46; Gener&#243; cuatro repositorios de informaci&#243;n epidemiol&#243;gica de uso interno&#44; vinculados a un cuadro de mando&#44; y permiti&#243; la actualizaci&#243;n autom&#225;tica diaria de 12 indicadores clave en un <span class="elsevierStyleItalic">dashobard</span> p&#250;blico<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0085"><span class="elsevierStyleSup"><span class="elsevierStyleItalic">7</span></span></a>&#44; desde el cual se pueden descargar los datos&#46;</p></span><span id="sec0035" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0055">Aplicaci&#243;n pr&#225;ctica</span><p id="par0050" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina se concibi&#243; para poder aplicarse en otros &#225;mbitos de transmisi&#243;n de la COVID-19 y para poder replicarse con otras enfermedades de declaraci&#243;n obligatoria&#46; La estructura en m&#243;dulos de Germina y su programaci&#243;n en STATA favorecen que esta herramienta pueda aplicarse en la vigilancia epidemiol&#243;gica y el seguimiento de brotes epidemiol&#243;gicos&#46; Asimismo&#44; la configuraci&#243;n de Germina permite identificar agrupaciones de casos en otros &#225;mbitos&#44; como domicilios&#44; residencias geri&#225;tricas&#44; centros de trabajo&#44; actividades l&#250;dico-deportivas y &#225;reas territoriales&#46;</p><p id="par0055" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La herramienta tambi&#233;n se aplica en la generaci&#243;n y la visualizaci&#243;n de datos actualizados diariamente para la comunicaci&#243;n de informaci&#243;n sobre vigilancia de la salud p&#250;blica<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0090"><span class="elsevierStyleSup">8</span></a>&#46; Adem&#225;s&#44; la informaci&#243;n actualizada facilita la toma de decisiones basadas en la evidencia dirigidas a la reducci&#243;n de las desigualdades sociales en la distribuci&#243;n de la COVID-19<a class="elsevierStyleCrossRefs" href="#bib0095"><span class="elsevierStyleSup">9&#44;10</span></a>&#46;</p></span><span id="sec0040" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0060">Fortalezas y limitaciones</span><p id="par0060" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Germina automatiz&#243; procesos manuales&#44; optimizando as&#237; los recursos humanos&#46; Facilit&#243; el seguimiento de los brotes epidemiol&#243;gicos y permiti&#243; obtener indicadores en tiempo real y actualizar a diario la informaci&#243;n epidemiol&#243;gica&#46;</p><p id="par0065" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Sin embargo&#44; Germina no permite valorar el v&#237;nculo epidemiol&#243;gico entre casos&#46; Adem&#225;s&#44; es dependiente de la calidad&#44; la robustez&#44; la validez&#44; la continuidad y la periodicidad de las fuentes utilizadas&#46;</p></span><span id="sec0045" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0065">Conclusiones</span><p id="par0070" class="elsevierStylePara elsevierViewall">El mecanismo de captura&#44; armonizaci&#243;n&#44; integraci&#243;n&#44; almacenaje&#44; an&#225;lisis y visualizaci&#243;n de datos de Germina ha permitido la automatizaci&#243;n y la sistematizaci&#243;n de la identificaci&#243;n de agrupaciones de casos de COVID-19 en un contexto de alta demanda del sistema de vigilancia epidemiol&#243;gica de la ciudad de Barcelona&#46;</p><p id="par0075" class="elsevierStylePara elsevierViewall">La epidemiolog&#237;a de campo se fortalece gracias a sistemas de vigilancia robustos&#44; actualizados y flexibles<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0055"><span class="elsevierStyleSup">1</span></a>&#44; que permiten una vigilancia epidemiol&#243;gica eficaz<a class="elsevierStyleCrossRef" href="#bib0075"><span class="elsevierStyleSup">5</span></a>&#46; La gesti&#243;n innovadora de datos y la inteligencia epidemiol&#243;gica fundamentada en herramientas inform&#225;ticas&#44; como Germina&#44; es clave para abordar los retos presentes y futuros que puedan plantear las enfermedades transmisibles&#46;</p></span><span id="sec0055" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0070">Disponibilidad de bases de datos y material para r&#233;plica</span><p id="par0100" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Los datos est&#225;n a disposici&#243;n de las personas que los soliciten a la autora para correspondencia&#46;</p></span><span id="sec0060" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0075">Editor responsable del art&#237;culo</span><p id="par0105" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Carlos &#193;lvarez-Dardet&#46;</p></span><span id="sec0065" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0080">Contribuciones de autor&#237;a</span><p id="par0110" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Todas las personas autoras han contribuido en la formulaci&#243;n y el dise&#241;o del art&#237;culo&#46; L&#46; Forcadell-D&#237;ez&#44; N&#46; S&#225;nchez-Valdivia&#44; M&#46; Pi&#241;ero Casas&#44; M&#46; Pila&#44; A&#46; Reyes Segura y G&#46; P&#233;rez han contribuido en la conceptualizaci&#243;n&#44; el dise&#241;o y la implementaci&#243;n de Germina&#46; L&#46; Forcadell-D&#237;ez y N&#46; S&#225;nchez-Valdivia han desarrollado&#44; programado y validado el c&#243;digo de Germina&#46; L&#46; Forcadell-D&#237;ez&#44; N&#46; S&#225;nchez-Valdivia&#44; M&#46; Pi&#241;ero Casas&#44; M&#46; Pila&#44; A&#46; Reyes Segura y G&#46; P&#233;rez han realizado la escritura original del art&#237;culo&#46; Todas las personas firmantes han contribuido a su revisi&#243;n cr&#237;tica con importantes contribuciones intelectuales&#46; Todas las personas firmantes han aprobado la versi&#243;n final para su publicaci&#243;n&#46;</p></span><span id="sec0070" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0085">Agradecimientos</span><p id="par0115" class="elsevierStylePara elsevierViewall">A todas las personas que han apoyado el desarrollo de este trabajo&#44; especialmente al equipo del Programa de Vigilancia&#44; Control y Prevenci&#243;n de la COVID-19 de la Ag&#232;ncia de Salut P&#250;blica de Barcelona&#46;</p></span><span id="sec0075" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0090">Financiaci&#243;n</span><p id="par0120" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Ninguna&#46;</p></span><span id="sec0080" class="elsevierStyleSection elsevierViewall"><span class="elsevierStyleSectionTitle" id="sect0095">Conflictos de intereses</span><p id="par0125" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Ninguno&#46;</p></span></span>"
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            "apendice" => "<p id="par0130" class="elsevierStylePara elsevierViewall">Se puede consultar material adicional a este art&#237;culo en su versi&#243;n electr&#243;nica disponible en <span class="elsevierStyleInterRef" id="intr0005" href="doi:10.1016/j.gaceta.2023.102321">doi&#58;10&#46;1016&#47;j&#46;gaceta&#46;2023&#46;102321</span>&#46;</p>"
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                  \t\t\t\t" scope="col" style="border-bottom: 2px solid black">Fuente de informaci&#243;n&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t" scope="col" style="border-bottom: 2px solid black">Descripci&#243;n&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t" scope="col" style="border-bottom: 2px solid black">Principales variables&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Registro de casos de COVID-19 del Departament de Salut&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n relativa a diagn&#243;stico&#44; estado inmunitario&#44; informaci&#243;n cl&#237;nica yencuesta epidemiol&#243;gica&#44; y censo de contactos estrechos&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Identificador individual anonimizado &#40;Id&#41;SexoFecha de nacimientoPresencia o ausencia de sintomatolog&#237;aFecha de inicio de s&#237;ntomasFecha de consulta m&#233;dicaFecha de diagn&#243;sticoPrueba diagn&#243;stica realizadaResultado de la prueba diagn&#243;sticaEstado vacunalFecha de administraci&#243;n de vacuna COVID-19 &#40;desglosado por n&#250;mero de dosis&#41;Vacuna administradaContacto estrecho de un caso confirmado previoVariables de la encuesta epidemiol&#243;gicaVariables del censo de contactos estrechos&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Registro Central de Salud del Departament de Salut&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n personal y sociodemogr&#225;fica&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Identificador individual anonimizado &#40;Id&#41;SexoFecha de nacimientoLugar de residencia &#40;direcci&#243;n&#41;&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td></tr><tr title="table-row"><td class="td-with-role" title="\n
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                  \t\t\t\t">Censo escolar del Consorci d&#8217;Educaci&#243; de Barcelona&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n de individuos vinculados a centros educativos&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Identificador individual anonimizado &#40;Id&#41;Centro educativo &#40;nombre e identificador&#41;Grupo de convivencia estable &#40;nombre e identificador&#41;Perfil &#40;alumnado&#44; personal docente&#44; personal externo&#41;Nivel &#40;educaci&#243;n infantil&#44; educaci&#243;n primaria&#44; educaci&#243;n secundaria&#44; educaci&#243;n posobligatoria&#44; otras ense&#241;anzas&#41;Localizaci&#243;n del centro &#40;direcci&#243;n&#44; c&#243;digo postal&#44; barrio&#44; distrito&#41;&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Padr&#243;n de la ciudad de Barcelona&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Informaci&#243;n del lugar de residencia&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">Localizaci&#243;n de la residencia &#40;direcci&#243;n&#44; c&#243;digo postal&#44; barrio&#44; distrito&#41;&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Oficina Municipal de Datos de Barcelona&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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                  \t\t\t\t">Indicadores ecol&#243;gicos del &#225;rea de residencia&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
                  \t\t\t\t</td><td class="td" title="\n
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                  \t\t\t\t">&#205;ndice de renta familiar disponible&#160;del barrio de residencia&nbsp;\t\t\t\t\t\t\n
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Información del artículo
ISSN: 02139111
Idioma original: Español
Datos actualizados diariamente
año/Mes Html Pdf Total
2024 Noviembre 9 3 12
2024 Octubre 195 35 230
2024 Septiembre 203 24 227
2024 Agosto 179 47 226
2024 Julio 174 43 217
2024 Junio 208 34 242
2024 Mayo 210 59 269
2024 Abril 161 26 187
2024 Marzo 161 33 194
2024 Febrero 140 47 187
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